深夜業は、「特定業務従事者の健康診断」の有害業務にあたるが、特殊健診の有害業務には相当しない。前者のルールが適用され、通常の労働者が受ける健康診断と同じ物を、一年に２回受けることになる。
特殊健診の有害業務に相当する場合は、有害業務の内容に応じて、追加の検査項目を検査することになる。