細胞代謝エネルギー論
当日確認
- AMPによる調節、その理由
- G6P⇆F6Pの反応
- DHAP⇆GAPの反応
2010夏学期、月曜3限
- 生化学⇆分子生物学
分子機構
定量的なとりあつかい
生体物質の特徴
2009過去問
(1)
アミノ酸
- 20種を覚える。
※Leu,Ile注意。
酵素反応
1:oxidoreductase(酸還元酵素)
2:trasferase(転移酵素)
分子間で官能基を転移する。ex.AのPO3をBに転移する。
3:hydrolase(加水分解酵素)
A+H2O→B+C
4:lyase(付加脱離酵素)
分子からの官能基の付加or脱離
5:isomerase(異性化酵素)
分子内での官能基の転移。原子数が変化しない。
6:ligase(合成酵素)
ATPを使って新しい化学結合を形成。つまり○○合成酵素のすべてがligaseではない。
自由エネルギー
Glcとでんぷん
解糖系：Glc→Pyruvate 反応1~10
- トータルな反応
Glc+[NAD+]+2ADP+2Pi→2Pyruvate+2NADH+2ATP+2H2O+[4H+]
Glc
↓:ATP→ADP
↓[反応1]リン酸化：グルコキナーゼ(ホスホトランスフェラーゼに属する)
G6P
↓[反応2]異性化：ホスホグルコースイソメラーゼ
F6P
↓:ATP→ADP
↓[反応3]リン酸化：ホスホフルクトキナーゼ
FBP
↓[反応4]開裂：
(B型)アルドラーゼ
GAP+DHAP
GAP⇆DHAP:[反応5]異性化：トリオスリン酸イソメラーゼ
GAP
↓:[NAD+]→NADH+[H+]
↓[反応6]高エネルギー化合物合成：グリセルアルデヒド3リン酸デヒドロゲナーゼ
1,3-BPG
↓ADP→ATP
↓[反応7]基質レベルのリン酸化：ホスホグリセリン酸キナーゼ
3PG
↓[反応8]リン酸基の移動：ホスホグリセリン酸ムターゼ
↓His-[PO3-2]がリン酸基を交換する。
2PG
↓→H2O
↓[反応9]高エネルギー化合物生成：エノラーゼ
PEP
↓ADP→ATP
↓[反応10]基質レベルのリン酸化：ピルビン酸キナーゼ
Pyruvate
クエン酸回路:oxidoreductase反応を覚える。CO2の出て行くポイントをおさえる。
pyruvate
↓CoASH+[NAD+]→NADH+CO2
↓[反応0]チオエステル化(?)：ピルビン酸デヒドロゲナーゼ
アセチルCoA
↓+オキサロ酢酸+H2O→CoASH+[H+]
↓[反応1]クエン酸シンターゼ
クエン酸
↓[反応2]アコニターゼ
イソクエン酸
↓[NAD+]→CO2+NACH
↓[反応3]イソクエン酸デヒドロゲナーゼ
2-オキソグルタル酸
↓CoASH+[NAD+]→NADH+CO2
↓[反応4]2-オキソグルタル酸デヒドロゲナーゼ
スクシニルCoA
↓GDP+Pi→GTP+CoASH+[H+]
↓[反応5]スクシニルCoAシンテターゼ
コハク酸
↓FAD→FADH2
↓[反応6]コハク酸デヒドロゲナーゼ
フマル酸
↓+H2O
↓[反応7]フマラーゼ
リンゴ酸
↓[NAD+]→NADH+[H+]
↓[反応8]リンゴ酸デヒドロゲナーゼ
オキサロ酢酸
クエン酸回路の中間体の横取り
- pyruvate⇆乳酸
→補充反応：pyruvate→pyuvateカルボキシラーゼ→オキサロ酢酸→GTP→PEP→Pyruvate
- クエン酸→脂肪酸、コレステロール
- 2-オキソグルタル酸→Glu
- スクシニルCoA→ポルフィリン
⇔イソロイシン、バリン、メチオニン→スクシニルCoA
- リンゴ酸→Glc
⇔オキサロ酢酸→リンゴ酸
- オキサロ酢酸→アミノ酸
→リンゴ酸
⇔アミノ酸→オキサロ酢酸
⇔アスパラギン酸、チロシン、フェニルアラニン→フマル酸
糖新生
pyrubvate→オキサロ酢酸→PEP→解糖系の逆→Glc
アミノ酸の合成
オキサロ酢酸、クエン酸回路、ピルビン酸 etc...→
・2-オキソグルタル酸→グルタミン酸
光合成
- クロロフィルの吸収と光化学反応
440nm:青→700nmあたりの蛍光を励起
700nm:赤→光合成利用できる
- 光合成反応の反応収率
クロロフィル2400分子-光子8個-O2一分子
2400/8=300分子のクロロフィル
299(295)分子のクロロフィルは何をしているのか？
→光捕集色素…どのクロロフィルに光子があたっても同様に反応が進む。
⇔視覚や太陽電池では光捕集色素はない
- 海水の吸収の違いによるクロロフィルの吸収の違い
→遠洋80m：散乱光少ない、赤色光はH2O分子に吸収される
したがって、短波長(青)を吸収する。
→沿岸25m：微粒子のため、青色光は散乱、赤色光の吸収少ない
したがって、長波長(赤)を吸収する。
- 作用スペクトル…光受容体で重要。作用の波長依存性
- 太陽光スペクトル
エネルギー:ε、定数波長:hv、光速:C、波長:λ
ε=hV=h*C/λ
※光エネルギーは波長が大きいほど小さい。
- 光の吸収は色素
- クリプトクロム
DNA修復酵素に似ている。
FADを結合
光による酸化還元
タンパク質相互作用による伝達
- フォトトロピン
植物の光定位運動
気孔の開閉
PASドメインでFMNを結合
光サイクルでCysとadduct形成
プロテインキナーゼの活性化