- 塩基配列を決定したい DNA を鋳型として，それに相補的な鎖を合成する反応を利用する。
- 塩基配列決定のための DNA 合成反応では，基質となる dNTP に一定の割合でジデオキシ
リボヌクレオシド三リン 酸（ddNTP）を混ぜて合成反応を行います。 ddNTP には 3' 末端に
OH 基がないため，鎖の伸長がそこで止まってしまうという性質を利用する。
- この反応により、様々な長さのDNA断片ができる。4種類のddNTPに異なる蛍光色素をあらかじめつけておく(共有結合)ことで、新たに合成されて ddNTP で伸長が止まった鎖が蛍光色素で標識できる。この断片をアクリルアミドゲルで泳動しながらレーザーを照射して蛍光を検出し、コンピュータで自動解析すれば、末端のddNTPと、その位置がわかるので、塩基配列を決定することができる。
- 昔は縦１mもあるような巨大なゲルで行なっていたが、いまでは特殊ポリマーを充填した細い管（キャピラリー）の中をサンプルが電気泳動することで、大きなゲルを作る手間がいらず，多数のサンプルを自動的に処理できる。