意外と簡単です。
ってか通常(sslじゃない方)のmixiのログイン画面ってそうなってますね。
そして、今やマインディアのトップページもそうなっています。
http://mindia.jp/top
flash側
とりあえずflashのwmodeがデフォルト値だと、z-indexが無視されて最前面をキープしてしまうらしいです。
なので、flashのwmodeをopaqueかtransparentに設定してやるんだそうで。
まぁ、実際にソースを見ながらやってみましょう。
下はマインディアのトップページのソースから抜粋したものですが・・・。
の部分はDreamweaverでFlashを挿入すると出てくるソースですね。
そのままFlashを